بررسی چند الگوریتم در بیوانفرماتیک

صفحه 1:
بررسی جند الگوریتم در بیوانفور ماتیک ارائه دهنده :احمد مرادی 

صفحه 2:
۱-الگوریتم 57۸8 ۴-الگوریتم ۱۱۳۵۱۸۸ ۳-الگورتتم (ونمأمأه[ اناه ططواعل8 )زلا 

صفحه 3:
اصلا بیوانفور ماتیک یعنی چی؟ زبست‌داده‌ورزی یا بیوانفورما تیک دانش استفاده از علوم کامپیوتر و آمار و احتمالات در شاخه زیست شناسی مولکولی است. در چند دهة اخیر پیشرفت در زیست‌شناسی مولکولی و تجهیزات مورد نیاز تحقیق در اين زمینه باعث افزلیش سریع تعیین توللی ژنوم بسیاری از گونه‌های موجودات شد. تا جایی که پروژه‌های تعیین توالی ژنوم‌ها از پروژه‌های بسیار رایج به حسب می‌آیند. امروزه توللی ژنوم بسیاری از موجودات ساده مانند باکتریها تا موجودات بسیار پیشرفته چون یوکاریوتهای پیچیده شناسایی شده‌است. پروژط شناسایی ژنوم انسان در سال ۰ آغاز شد و در سال ۲۰۰۳ پایان یلفت و اکنون اطلاعات کامل مربوط به توللی هر ۲۴ کروموزوم انسان موجود است. 

صفحه 4:
مقدمه ساختمان سلول جانورى از سه قسمت غشاء سیتپلاسم و هسته تشكيل شده است. ماده ورائتى در هسته سلول به شكل كروموزوم سازماندهى شده اسث و هر كروموزوم از دو كروماتيد تشكيل شده اسث كه دو كروماتيد در محلى به نام سائترومر به هم منصل هستند. کروماتین‌ها از 1((۷۸ و پروتئین ساخته شده‌اند و 12۸ اطلاعات لازم جهت ساخته شدن پروتلین‌های سلول را در بر درد. 101۸ زنجیره مولكولي بسیار علویل خطي و بدون شاخه است که از به هم پیوسنن تعداد زیادی نوکلئوتید حاصل می‌شود. چهارنوع اسید نوکللوتید در ساختمان 0[1۸ ‎MA) gaol‏ تیمین (1)» سیتوزین | (©) وكوانين (0) مىباشند. اكر ترنيب قرار كرفتن جهار باز 0:01:46 در قسمتى از .102/46 تغيير كنده ساختمان پروتلین رمزگذاری شده ‎DNA beg‏ نیز تغییر مي‌کند. در واقع, اطلاعات لاژم برای ساخته شدن برونئين» در ترتيب چهار نیع اسید نوکللوتد نهفته است. از اينرو. .10014 با كنترل توليد يروتئينهاء عملاً كنترل توليد همه مولكولها و انجام فملیت‌های سلول را بر عهده داد 

صفحه 5:
' یک الگوی غیرمعمول دریک توللی 0۷/۸میا پروتئینو يا یک ناحیه ی بسیارشبیه به هم که توسط دو یا چند توالی به اشتراک گذاشته شده لندء‌از اهمیت بیولوژیکی زیادی برخوردار است. به همین دلیل است كه شناسایی زیردنبلله های متشابه در ‎Lge Job‏ چند دنباله ی طولانی» از یکی از مهمترین موضوعات در تحلیل دنباله های مولکولی به حساب می آید. 

صفحه 6:
(6 

صفحه 7:
:حال به بررسی سه الگوریتم دراین زمینه می پردازیم ۱-الگوریتم 5۲۸۵۲ ۲-الگوریتم ۱۱۳۵۱/۱۸۵ NJ( Neighbour Joining) pi ygSI-» 

صفحه 8:
الكوريتم 5131 شرج ستیک(ابتکا 3انجام می دهیم به (ابتکاری) 50۲انجام ازی هیورستیک(اب کاری که در همترازسازی زیر است: شبیه به بعیه به دو تراز ازی دوب فاده از همتراز, است را بااستفاده از همترازسا | ۳ که تمام دنبلله ای دب ‎a‏ + كه بيشتر شب 1 03 ۱)توللی ای را ۳ 5 تفاده حدم 5 ۱ آن مرکز ستاره ا میکنیم یگر ‎we 1‏ كتير "زان يه عتوار اهمتراز كرديم. 4 

صفحه 9:
| به عنوان متال ۰ توالی های شما به این صورت می باشند: e > Pb Pp 6 ‏بداب برب‎ ‏ده وه بر‎ ‏ده‎ ۵۵ ‏حد ی حز‎ 6 6 ‏هه وه‎ ‏حل حل جر بر هم‎ ‏ب ب بام‎ ی ور ایتدا تمام همترازی ‎Glo‏ دوبه دو و نمره ها را محاسبه می کنیم.ماتریس زیر نمرات همترازی برای همه ی جفت ها را به ما می دهد. 

صفحه 10:
۱ 

صفحه 11:
.حال اجازه ى ساخت همتر ازسازی دلخواه را می دهد ee ei to vo ot 09 Be HO at 57 an be Be a vo Or OH ۱ ۱ BR ۲ ta ot vo ني Ae be ta ov ov 

صفحه 12:
| 51و52باهمهمتراز می‌شوند Let's use the alignment of S,and S». S(A Lie € #4 tT S; and S; are SAP G16 € CATT aligned Now, let’s add $3, using its alignment to S: ‏۸و5‎ 1 1 6 6 6 ۸ 1 1 - - | 0 ‏و | - ۲ 1 4 6 0 6 6 1 ۸و9‎ S|A T C - C A A TTT T] aligned حال 53را اضافه مى كنيم. م51 و 52و 53 با هم‌همتراز شدند. 

صفحه 13:
حال 54 را اضافه می کنیم و با 51انطباق می دهیم و همتراز می‌کننم. Si. S2. $3, و در آخر 55 را اضافه می کنیم و طبق 51 همتراز می کنیم. 

صفحه 14:
\ بیچیدگی زمانی الکوریتم 510۲: زمان اجرا برای همه ی محاسبات همترازسازی دوبه دو می باشد. و002 توجه داشته باشید که همترازسازی ‎STAR‏ بهینه نیست و از اين روش زياد استفاده نمی شود.