تعیین نقشه ژنوم

تعیین نقشه ژنوم

اسلاید 1: بسم الله الرحمن الرحیم

اسلاید 2: تعیین نقشه ژنوم

اسلاید 3: مقدمهاولــين تــوالي هــاي DNA در اوايــل دهــه 1970 توســط پژوهشگران با به كارگيري روش هاي بسيار مشكل و پرزحمـتبر اساس كروماتوگرافي دو بعدي به دست آمـد و بـه تـدريج بـه دنبال پيشرفتِ روشهاي آناليز خودكار مبتني بـر رنـگ، انجـام تعيين تواليِDNA آسان تر و سريع تر شد يكي از نخستين نمونه هاي تعيينِ توالي كامل، تعيين تواليRNA مربوط به ژنوم باكتريوفاژ MS2 بود كـه توسـط والتـر فيـرز و همكـارانش بـين سـال هـاي 1972 و 1976 انجام شد.در اوايل دهه 1970، روش هاي بسيار پرزحمتـي توسـط فردريك سانگر ، والترگيلبـرت و آلـن ماكسام به كار گرفتـه شـد.

اسلاید 4: اين روش نيازمند نشاندار كردن انتهاي 5’ DNA به وسـيله راديواكتيواسـت . سـپس قطعـهDNA براي تعيين توالي خالصسازي مي شود و توسط تيمار شيميايي،شكست در نـسبت كـوچكي از 1 يـا 2 نوكلئوتيـد از مجمـوع 4 نوكلئوتيد در هـر كـدام از 4 واكـنش (G/A+G/C/C+T) ايجاد مي شود به عنوان مثال: پورين ها (A+G) با استفاده از فرميك اسيد، پورين زدايـی مي شود.گوانين ها (G) بـا دي متيـل سـولفات،متيله مي شود. پيريميدين ها (C+T) با هيدرازين متيله مي شود. اضافه نمودن نمك (سديم كلرايد ) به واكنش هيدروژني كه متيله شدن تيمين را در واكنش هـاي فقـط حـاوي سـيتوزين (C) مهار مي كند. برخی ازروش هاي تعيين توالي در گذشتهتعیین ماکسام - گیلبرت

اسلاید 5: سپس DNA تغيير شكل يافته به واسطه پيپريدين داغ در مكان باز تغیير يافته برش داده مـي شـود.قطعات برش داده شده روی ژل آکریل آمید الکتروفورز میشوند.

اسلاید 6: تعیین سانگربه روش ختم زنجیرسازی معروف شد.به دليل كارآمدي بيشتر، استفاده كمتر از مواد شيميايي سـمي و ميزان راديواكتيو كمتر در مقايسه با روش ماكسام و گيلبرت بـه سرعت تبديل به روش منتخب شد.مبناي روش سانگر كـاربرد دي دئوكسي نوكلئوزيد تري فسفات (ddNTPs) به عنوان ختمكننده زنجيره DNA است .روش كلاسيك خـتم زنجيـر بهDNA تک رشـتهاي بـه عنـوان الگـو، آغـازگر،DNA پليمـراز، دئوكـسي نوكلئوتيـد تـري فـسفات (dNTPs) و نوكلئوتيدهاي تغيير يافته (ddNTPs) براي خـتم طويـل شـدن رشـته DNA دارد.

اسلاید 7: در ايـن روش ddNTPs بـه وسـيله راديواكتيو نشاندار شده و روي ژل اكريل آميـد الكتروفورز و در خاتمه ژل از لايه شيشهاي جدا مي شود و يكفيلم راديولـوژي روي ژل قـرار مـي گيـرد و بعـد از اثـر گـذاريراديواكتيو روي فيلم تفسير نتايج صورت ميگيرد